Kegiatan kepesantrenan merupakan program yang tidak terpisahkan dari kurikulum IBS SMA Unggulan Da’i An Nur. Teknis pelaksanaan kegiatan kepesantrenan diintegrasikan dengan kegiatan kehidupan berasrama dalam upaya meningkatkan kualitas keimanan dan ketaqwaan kepada Allah SWT.
Kegiatan ini merupakan suatu terobosan positif yang terarah, terstruktur dan terkordinasi. pembinaan mental-spiritual, pesantren tidak hanya terfokus kepada ajaran materi-metari keagamaan saja, melainkan juga mengenai kehidupan sehari-hari seperti, kiat-kiat atau cara menghindari bahaya narkoba, dan kegiatan-kegiatan sosial lain yang berguna bagi siswa. untuk mewujudkan generasi yang mempunyai penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi, berbudi pekerti luhur serta memiliki kepribadian dengan tetap memegang budaya dan religi.
Kegiatan kepesantrenan bertujuan untuk mengembangkan potensi fitrah manusia berupa: fikriyah, ruhaniyah, jasmaniah, memberikan tekanan pada pembentukan mental dan spiritual siswa melalui kegiatan-kegiatan ubudiyah : Pengajian Al-Qur'an dan Kitab-kitab keagamaan, shalat berjamaah, dzikir, istighotsah, tadarusan, simulasi, ISQ, I'tikaf, dsb. Selain itu siraman pengetahuan yang disesuaikan dengan kaidah dan syariat Islam seperti bagaimana pergaulan remaja yang sesuai dengan Islam. Juga melalui pendampingan-pendampingan sehingga dalam diri santri tumbuh nilai kemanusiaan yang dilandasi dengan nilai ke Islaman.
